สถาบันแพทย์แผนไทยเพ็ญนภา มุ่งมั่นสู่ความเป็นสถาบันชั้นสูงด้านการแพทย์แผนไทย โดยเป็นองค์กรกลางที่เอื้ออำนวยต่อการแลกเปลี่ยนเรียนรู้ ระหว่างผู้ทรงคุณวุฒิทั้งในและนอกสถาบันการศึกษา ผู้เชี่ยวชาญด้านสุขภาพ แพทย์แผนไทย หมอพื้นบ้าน และผู้สนใจศึกษาด้านการแพทย์แผนไทย ให้รู้จริงด้านการแพทย์แผนไทยทั้งภาคทฤษฎีและปฏิบัติ โดยดำเนินกิจกรรมที่เกี่ยวข้องกับการแพทย์แผนไทยอย่างครบวงจร โดยมุ่งหวังให้เกิดการพัฒนาองค์ความรู้ ผลิตภัณฑ์ และบุคลากรด้านการแพทย์แผนไทย เพื่อเป็นกำลังสำคัญในการสร้างเสริมคุณภาพชีวิตคนไทยอย่างยั่งยืนสืบไป.