สามารถแบ่งที่มาของสิ่งปนเปื้อน ฝุ่นละออง อนุภาคขนาดเล็กต่างๆที่เป็นปัญหาภายในห้องปลอดเชื้อ (ห้องคลีนรูม) ออกเป็นสองที่ ดังนี้

1. แหล่งที่มาภายนอก (External Sources)

โดยส่วนใหญ่สิ่งปนเปื้อนต่างๆ ที่มาจากภายนอกห้อง (External Sources) นั้นสามารถเล็ดรอดเข้าสู่ภายในพื้นที่ทำงานในห้องปลอดเชื้อ (ห้องคลีนรูม) ได้ทางระบบปรับอากาศจ่าย (Makeup Air กรณีที่เป็นระบบ AHU) รวมทั้งการแทรกซึมผ่านรอยร้าวหรือรั่วตามผนังห้อง กำแพง เพดาน และท่อลมต่างๆ

      ปัญหานี้สามารถควบคุมได้โดย

 - การกรองอากาศด้วยระบบกรองชนิดพิเศษ (HEPA Filtration)

 - การควบคุมแรงดันระหว่างบริเวณที่สนใจ (Critical Environment) เทียบกับบริเวณภายนอก (Space Pressurization)

 - การอุดรอยร้าวหรือรั่วด้วยซิลิโคน (Sealing of space penetrations)

2. แหล่งที่มาภายใน (Internal Sources)

ฝุ่นละออง อนุภาคขนาดเล็ก รวมทั้งสิ่งปนเปื้อนต่างๆ (Contaminant) โดยมากมักติดมากับผู้ปฏิบัติงานภายในห้อง ไม่ว่าจะเป็นจากเสื้อผ้าที่สวมใส่ รองเท้า เส้นผม ผิวหนังหรือแม้กระทั่งการหายใจเองก็ตาม

โดยทั่วไปแล้วขนาดของฝุ่นละลอง สิ่งปนเปื้อนและอนภาคขนาดเล็กๆต่าง จะมีขนาดเริ่มตั้งแต่ 0.001 ไปจนถึงหลายร้อยไมครอน อนุภาคที่มีขนาดใหญ่กว่า 5 ไมครอนโดยมากจะพบตามพื้นผิวต่างๆและมีโอกาสที่จะลอยในอากาศในช่วงเวลาสั้นๆ

ทำไมจึงต้องมีห้องปลอดเชื้อ (คลีนรูม, ห้องสะอาด)

ความต้องการของห้องปลอดเชื้อ (ห้องคลีนรูม, ห้องสะอาด) เกิดจากปัญหาของสิ่งปนเปื้อน อนุภาคขนาดเล็กและฝุ่นละอองต่างๆ ที่มาจาก ผู้ปฏิบัติงาน เครื่องจักร กระบวนการผลิตรวมทั้งอากาศภายนอก สิ่งเหล่านี้สามารถสร้างปัญหาให้กับผลิตภัณฑ์หรืองานที่กำลังทำอยู่ ส่งผลให้งานที่ได้ขาดประสิทธิภาพ

ขอบข่ายของการใช้งานห้องปลอดเชื้อ (คลีนรูม, ห้องสะอาด) มีมากมายตั้งแต่ภายโรงพยาบาล ห้องปฏิบัติการ โรงงานอุตสาหกรรมอาหารและยา รวมไปถึงโรงงานผลิตอุปกรณ์อิเล็กทรอนิกส์ ดังนี้